沖縄戦において、1945年5月に日本軍兵士は亀甲墓に潜伏していた。アメリカ軍の掃討によって、亀甲墓の入口付近で殺害されて、死体の側に食料にしていた芋や洗面器が散乱した。亀甲墓に捕らえられた日本人は、アメリカ軍兵士からの繰り返しの呼び出し後に出ることを拒否すると、入口を封印してダイナマイトを仕掛けた。駆逐するのに火炎放射器を装備した戦車を導入した。アメリカ軍はドリルで亀甲羅墓の入口に穴を開けて火炎放射器を注ぎ込んだ。投降を呼びかけるも応じなければ一転して、容赦無い攻撃による殺害を続けた。
1945年4月からの沖縄の戦いで、多くの沖縄の民間人から日本軍兵士まで、祖先の亀甲墓の中にアメリカ軍の砲撃や射撃から避難を求めて潜伏した。独特の形をした沖縄の亀甲墓は、墓の形が亀の殻に似ているために呼ばれた。死後に母親の子宮に戻るという信念から生まれた女性の子宮を表現していた。墓への入口は母親の子宮を示唆して、木々などで墓を隠蔽した。祖先崇拝を信じる沖縄では、墓は休息の場であるだけでなく、生活の精神的な場にも貢献した。病気や死亡は、家族の墓を適切に管理せず、先祖に十分な儀式を行っていないと信じた。日本軍は沖縄戦で、既存の亀甲墓または自然の洞窟であったガマを防空壕に適合させるように指令した。多数の天然の洞穴や、沖縄特有の墓である亀甲墓が、堅牢な構造からトーチカ代わりに日本軍陣地の一部となった。山頂にある一連の洞窟には、多くの簡易ベッド、ゴミ、その他の医療品が含まれて、日本軍の防空壕を示唆した。沖縄戦では、首里・那覇にあった多くの亀甲墓が甚大な犠牲を被った。
