太平洋戦争において、アメリカ軍が1944年10月20日の上陸から1945年6月28日までフィリピンの戦いで日本軍と激烈な衝突を繰り返した。首都のマニラの戦いは、1945年2月3日から3月3日までフィリピンの首都のマニラで攻防した日本軍とアメリカ軍の市街戦が勃発した。日本軍は敗退して、約3年間に及んだ日本軍のフィリピンの占領と統治は終結した。太平洋戦争では最大規模となる市街戦となり、残留した約 70万人のマニラ市民のうち、約10万人の市民が無差別攻撃に巻き添えの犠牲者となった。
日本軍の主力は、持久戦のために北部ルソンに転進した。マニラに残存した日本軍は、悲惨な激戦地となったエルミタ・マテラ地区で、建物や民家などに潜伏して徹底抗戦をはかった。日本軍は背後の敵となる恐れがあるマニラ市民なども大量に虐殺した。マニラ市民は日本軍の銃剣や機銃掃射で殺害され続け、地区全てにて女子と子供らの弱者は組織的に虐待した。アメリカ米軍は、建物や民家からの狙撃の損害を抑止するために、重砲火による無差別砲撃でマニラ市街を次々と壊滅した。マニラ市民の犠牲の約６割は日本軍による殺戮、約４割はアメリカ軍の重砲火による殺害と推定された。日本軍の戦死者は約16,665人、アメリカ軍の戦死者は約1010 人と戦傷者は約5,565人であった。
マニラ市内の随所で繰り広げた日本軍による虐待と虐殺は、無差別の非戦闘員である市民の殺害の範囲を超えたジェノサイド(大量虐殺)となった。南京虐殺事件は日本軍の占領開始からの十分な記録が残らず、論争が絶えない。マニラの戦いは、アメリカ軍と対峙してマニラの開放までに、日本軍の残虐行為を捜査して記録された。激戦となったエルミタ・マラテ地区は、アメリカ人とフィリピン人だけでなく、多数の外国人を含む富裕層の住宅街を含み、大学・総合病院などが密集する地区でもあった。太平洋戦争のマニラの戦の残虐行為は、東京裁判やマニラ裁判などに提出された宣誓口供書と日記・回顧録などを証拠として、日本軍史上で最も詳細に記録された蛮行として大将の死刑が執行された。
