太平洋戦争のフィリピンの戦いで、バギオの日本軍病院も、アメリカ軍に爆撃された。4月27日に病院の外側に、放置された約48体の日本軍兵士の死体がアメリカ軍兵士によって探索された。日本軍のバギオ総合病院は激しい砲撃と爆撃を受けて、病院本館は大きな被害を受けた。バギオ地区では日本軍が4月下旬までアメリカ軍の北進を阻止した。西海岸からナギリアン経由で迂回して侵攻されて、4月26日にバギオは陥落した。その直前に日本軍の方面軍司令部はカガヤン渓谷へ脱出し、ホセ・ラウレル大統領らも日本本土へ避難した。
バギオの戦い(Battle of Baguio)は、1945年2月21日から4月26日に、第二次世界大戦末期の連合軍のフィリピン解放における大ルソン作戦の一部である。アメリカ軍とフィリピン軍はルソン島の都市バギオを日本の占領軍から奪回した。フィリピン攻略戦の最後の戦車戦の1つが行われた。バギオは、ルソン島北部のコルディリェラ中央山脈に囲まれた標高約1,400mに位置する都市である。
1945年2月下旬から4月上旬に、アメリカ軍と連合軍は、ゲリラ部隊の支援を受けながらバギオに侵攻した。3月末にはアメリカ軍の大砲の射程内に入った。バギオ攻略のための大規模な攻勢は4月中旬になり、マニラ駐留軍と、西と南からバギオへの日本軍に突撃を開始した。連合軍が西からバギオに向かう途中で、イリサン峡谷とイリサン川で約6日間の戦車戦が行われた。バギオの戦いで、日本軍兵士は約2,000人以上が戦死した。
4月中旬に、外国人を含む民間人約7000人がバギオからアメリカ軍の戦線に向かった。 4月22日に、山下司令官からバギオ防衛を任された宇都宮能方少将が、バギオからの撤退を指示した。4月24日に、連合軍のパトロール隊がバギオに進駐した。太平洋戦争の終戦後の1945年9月3日に、バギオの基地へと移動した山下奉文大将はマッカーサー元帥と共に降伏文書調印式に参加して降伏文書に署名した。バギオで、1945年9月3日にフィリピンにおける日本軍の最終降伏の舞台となった。
