サルバドル(Salvadoran)内戦にて、左翼ゲリラの活動に苦悩したエル・サルバドル軍事政権は、アメリカ軍の援助も受けた。右派である軍事政権は治安部隊を強化して、徹底的な悲惨な弾圧政策を執行した。エル・サルバドル政府が、実行した反乱戦術により、しばしば民間人の非戦闘員が標的となり虐待と虐殺された。軍事政権の国家治安部隊と準軍事的な死の部隊によって、ファラブンド・マルティ民族解放戦線（FMLN）の容疑者に、誘拐、拷問、殺害が蔓延した。1979年から1992年の約12年間のエネサルバドルの内戦によって、約75,000人が殺害されて、約8,000人が行方不明になった。
サルバドル内戦は、エル・サルバドル政府と民族解放戦線（FMLN）である左翼グループの連合または傘型組織の間で約12年間も戦闘した。1979年10月15日のクーデターに引き続いた政府軍によって、反クーデターデモ参加者の殺害が勃発した。1979年10月15日、穏健派軍人によるクーデターが、独裁者カルロス・ウンベルト・ロメロ将軍を追放して、革命評議会を樹立した。その直後から、軍と治安部隊の右派が権力を掌握し始めた。特に農村部において、死の部隊や民間人への無差別攻撃を含む、軍事政府に対抗する反対勢力を、軍事政府の組織的テロが執行された。内戦は、1992年1月16日にメキシコシティでチャプルテペック和平協定の調印で、公式に終結した。
アメリカ合衆国のカーターとレーガン大統領にて、エル・サルバドル政府に1日あたり約100万から約200万ドルの経済援助を行った。さらにアメリカは政府軍に多大な訓練と装備を提供した。1983年5月までに、アメリカ軍将校が、エル・サルバドル政府軍の最高司令部内で潜伏して、重要な戦略的・戦術的決定を下した。
全体として、国連は、民族解放戦線のゲリラは、内戦中の残虐行為の約5%に責任があり、約85%はエル・サルバドル治安部隊によって執行したと推定した。内戦時代の残虐行為に対する説明責任は、1993年の恩赦法によって妨げられた。2016年にエル・サルバドル最高裁は、法律は違憲であり、エル・サルバドル政府は戦争犯罪者を起訴できると判決を下した。
