太平洋戦争の沖縄戦が1945年4月1日から6月22日に終結して、降伏して終戦後から数年経過して、戦没者の遺骨収集版によって地中に膨大な白骨が発見された。沖縄では、戦没者数は約18.8万人、収容された遺骨は約18万7千人、未収容の遺骨数は約0.1万人となった。2020年度までの最近5年間は、沖縄で約114柱が収容された。最近は、身元の特定のためのDNA鑑定が実施されて、検体数約12,287柱から、身元が判明して遺族に返還したのは約1,181柱であった。地域別の保管検体数は、旧ソ連が約7,096柱で最大で、沖縄は約738柱であった。
1952年以降に2020年度まで、厚生労働省が戦没者の遺骨収集を実施した。戦没者の総数は約240万人のうち、約128万人柱の遺骨が収集されて、約112万人柱は未収容となっている。戦後直後は、陸海軍部の復員時や引揚げ時に送還して約93万柱を収容した。第一次は、1952年から1957年までの第一次の戦没者の遺骨収集は、主要戦場となった各地を船舶で巡航して、主に戦没者の遺骨の一部から約1万2千柱を収容した。第二次は、1967年から1972年まで、戦場に多くの遺骨が放置され、開発等で遺骨が発掘され、6年計画の遺骨収集で約11万5千柱を収容した。第3次は、1973年から1975年まで、国民が遺骨収集を要望して3年計画で約10万柱を収容した。その他に、1976年から2005年まで、新たな相手国で遺骨収集を約8万6千柱を収容した。2006年以降では、民間団体等から情報収集を開始して、約3万柱を収容した。
沖縄の遺骨収集は、発見された遺骨の状況に応じ、国と沖縄県で役割を分担して実施した。国は重機による掘削等が必要な大規模な遺骨 収集を実施した。沖縄県は国からの委託を受け、県民等からの情報により地表で発見された遺骨について収容を実施して、NPO法人などの団体や個人の遺骨収集ボランティアを活用した。沖縄の戦没者概数は約188,100人、収容遺骨数は約187,470柱、未収容遺骨の概数は約630柱であった(2020年度まで)。沖縄の遺骨収集の現状と課題は、地表で発見された遺骨の収容・情報収集は沖縄県へ委託して実施した。重機による掘削等が必要な大規模な遺骨収集は厚生労働省が実施した。アメリカ軍基地内での調査・収集はアメリカ側と協議が必要である。2011年に沖縄には「沖縄県遺骨収集情報センター」を設置して、遺骨収集に係る情報を収集する体制を構築して、国と沖縄県で連携を図り遺骨収集を進めた。