第二次世界大戦にて1942年7月22日に、スロベニアのツェリエ(Celje)市のスタリ・ピスカー刑務所で、ナチス・ドイツ軍の銃殺隊約30人が、反抗する容疑者のスロベニア民間人の約100人を銃殺した。ドイツ人将校は、絶命するために、検死をしながら頭部を撃っては殺害した。銃殺された死体は担架に乗せられて、集団墓地に運んでは埋葬した。ナチス・ドイツ軍が、反乱を抑止する残虐な銃殺であった。抵抗行為に対する報復として、特に女性や子供を射殺することもあった。7月22日にツェリエで、射殺された約100人のスロベニア人の中には、銃殺の犠牲になる5人の女性が含まれた。ナチス・ドイツは、女性や子供に対する銃殺が抵抗活動を弾圧するのに特に効果的であると考えた。ナチス・ドイツの残虐行為は、ユーゴスラビアのパルチザンを完全に抑制できなかった。
スロベニア東部のツェリェは、1941年4月にナチス・ドイツ軍に占領された。ゲシュタポが1941年4月16日にツェリェに到着した。その3日後に親衛隊長のハインリヒ・ヒムラーが、スタリピスカー刑務所を視察した。約1,000人がツェリェの刑務所に収監された。約600人の子どもをゲルマン化するためにナチス・ドイツに強制連行され、「盗まれた子ども(stollen children)」と呼称された。両親から離れてドイツの家族に割り当てられた子供たちも含めて、約46,000人のスロベニア人がドイツに追放された。ナチス・ドイツ軍がスロベニアを占領中に、1942年7月22日にツェリェ刑務所で約100人、1942年10月2日にマリボール刑務所で約143人、1945年2月12日にフランコロボ地域で約100人のスロベニア民間人が虐殺された。
ナチス・ドイツ軍は、1941年3月27日に反逆したユーゴスラビア軍を崩壊して、4月17日に征服した。ユーゴスラビアに枢軸国が侵入すると、そのうちスロベニアはナチス・ドイツの占領下に置かれた。イタリア軍によって首都リュブリャナが占領され、北東の一部の地域はハンガリーが占領して、さらにクロアチア独立国が成立するとイタリア占領地域のうち南東部がクロアチア統治下となった。スロベニア人の住む地域は、約4つの勢力によって分断された。共産主義のパルチザンはヨシップ・ブロズ・チトーに加わり、ドイツ軍などと戦闘した。ナチス・ドイツはユーゴスラビアを占領した直後から、約65,000人を追放から投獄、処刑された。あらゆるパルチザンを残酷に弾圧するために、パルチザン容疑者の全員を射殺して、家族と子どもは強制送還した。
