ダルマチアからの多くのクロアチア人がチトのパルチザンが率いる抵抗運動に1941年4月から参戦した。すべてのダルマチア地域を荒廃させた悲惨なゲリラ戦争が勃発した。イタリア軍兵士は、ユーゴスラビア占領下のダルマチア地方で、殺害して処刑したクロアチア人女性の変形した死体の上で写真を撮った。イタリア軍は、1941年4月から1943年9月にかけてダルマチアを占領した。1941年4月にイタリア軍はユーゴスラビアに侵攻して大部分を占領するとともに、中央ダルマチアなどはイタリアが直接に併合した。スロベニアとクロアチアのパルチザンの抵抗運動を抑えるために、イタリア軍は略式処刑、人質取り、報復、抑留、家や村の焼き討ちを執行した。1942年5月に、イタリア軍は多数の人質を取り必要な時に射殺を命じられ、ダルマチア地方にも拡大して、強制収容所を建設も計画された。
1941年の最も重大なパルチザンのゲリラ活動は、ユーゴスラビアのモンテネグロにてイタリア軍に敵対した。モンテネグロは、7月13日に山間部に散在していたイタリア軍の駐屯地を、連携して攻撃した。イタリア占領軍は、主要な駐屯地や通信センターを破壊され、撤退させられた。その後にイタリア軍は強力な陸海空軍で戻ってきたイタリア軍が、パルチザンの蜂起を鎮圧するのに約1年を要した。約1万5千人のモンテネグロの死傷者を出し、さらに1万人が山間部に強制労働に送られた。1942年7月に、スロベニアのパルチザンを攻撃したとき、イタリア占領軍ははパルチザンを包囲して、数千人の死傷者が出て、生き残った者は敗走した。
ドイツ軍は、ソビエト連邦に対するバルバロッサ作戦に投入するために、バルカン半島の占領は主にイタリア軍の責任とされた。イタリア軍は、ギリシャやユーゴスラビアとの戦いには、3つのイタリア軍の計45個師団が参戦した。1941年8月初旬には、陸軍本部は最高参謀本部の直属となっていた。1941年8月初旬までに、陸軍司令部は地域司令部に変更され、師団の総数は約32師団に減少した。イタリア第2軍の司令官は8個師団を持つスロベニア・ダルマチア軍司令官となった。第9軍の司令官は12個師団を持つアルバニア・モンテネグロ軍司令官となった。第11軍の司令官は11個師団を持つギリシャ軍司令官となった。ドデカネス諸島にはさらにイタリア軍の1個師団が駐留していた。さらにアルバニア・モンテネグロ軍司令部がアルバニア軍司令部とモンテネグロ軍司令部に分割された。
イタリア軍の占領当局の政策は揺れ動いて、占領して支配下の地域の経済を回復できなかった。1940年から1941年にかけての戦いで、不甲斐ない結果から、イタリア軍はギリシャ人やユーゴスラビア人を軽蔑して略奪行為を助長した。実際に抵抗運動を起こした際には、厳しく恣意的な報復が行われた。住民のイタリア軍は、住民に対する反感はさらに高まった。裁判を経ずに個別な処刑が行われることも多かった。その騒ぎを鎮めるために村ごと燃やさした。次第にギリシャ人やユーゴスラビア人の態度は、軽蔑からやがて憎悪へと変わっていった。
