バルカン戦争のクロアチア・セルビア内戦において、クロアチア軍兵士によるヴォイノヴィッチの兵舎への攻撃が成果を収めた。その攻撃の際に、連邦軍のセルビア人兵士が殺害された。その死体が路上に放置された。1992年に、クロアチアがクロアチア、スロベニア、マケドニア、ボスニア・ヘルツェゴビナからなるユーゴスラビア連邦から分離独立した後に、ミロシェヴィッチセルビア大統領は、残る2つの国家であるセルビアとモンテネグロからなる新ユーゴスラビア連邦を宣言した。
クロアチア独立戦争は、1991年から1995年にかけて、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国（SFRY）からの独立を宣言したクロアチア政府に忠誠を誓うクロアチア軍と、セルビア人支配下のユーゴスラビア人民軍（JNA）と現地のセルビア人勢力との間で戦われた武力紛争であり、JNAは1992年までにクロアチアでの戦闘活動を終結させた。
クロアチアは、1980年代末の東欧諸国の民主改革が進む中、1990年4月、戦後初めての複数政党制による選挙が実施された。共産主義者同盟の政権が敗退し、民族主義的傾向の強いクロアチア民主同盟（HDZ）が圧勝して政権の座についた。新政権設立後に、1990年12月に民族主義的性格の濃い新憲法が採択されて、ユーゴスラビア連邦から離反の動きは加速した。1991年5月、独立を問う住民投票で94％が旧ユーゴからの独立を支持して、議会は独立宣言を採択した。セルビア人は住民投票をボイコットした。これを起点にクロアチア人勢力とセルビア人勢力との間で戦闘となった。1992年1月に一旦停戦合意が成立し、国連保護軍が展開した。欧州諸国を皮切りに各国がクロアチアの国家承認を行った。但し、同停戦合意は守られず、その後も多数の停戦合意がなされたが、戦闘は1996年初頭まで継続した。1995年、クロアチアはセルビア勢力より国土の一部を奪還して、残された東スラボニア（クロアチア北東部）では1996年から国連暫定統治機構による統治が行われたが、1998年1月に撤退したことにより、クロアチアは全領土に主権を回復した。
ボスニア・ヘルツェゴビナでは、1992年4月、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国（旧ユーゴ）からの独立を巡ってムスリム系、クロアチア系、セルビア系住民の間で大規模な紛争が勃発した。各民族がボスニア全土で覇権を争って戦闘を繰り広げ、その結果死者20万、難民・避難民220万と言われる戦後の欧州で最悪の紛争となった。その後、1995年12月、デイトン和平合意の成立により戦闘は終息し、ボスニアはムスリム系、クロアチア系住民を主体とする「ボスニア・ヘルツェゴビナ連邦」、セルビア系住民を主体とする「スルプスカ共和国」という2つのエンティティから構成される一つの国家となった。上級代表事務所（OHR）、NATO中心の多国籍部隊SFORが民生面及び軍事面での和平履行を担った。
