第一次バルカン戦争にて、エディコイ(Edeköy)虐殺が1912年11月13日から11月20日に勃発した。ブルガリア軍に支援されたギリシア人集団がエディコイ村のトルコ系住民を大虐殺した。エデコイ村だけでなく西トラキアから避難した何千人ものイスラム教徒のトルコ人が拷問されて虐殺されて、彼らの財産は略奪された。エディコイの人口は1800人で、軍隊にいた約100人の若者を除いた、主に女性、老人、子供も含めた約1,651人が虐殺された。巻き込まれたトルコ人を含める約2,000人以上に達した。女はモスクに、男は大きな納屋に閉じ込めて、全員に火をつけた。死者の一部は井戸に捨てられた。
バルカン半島にてオスマン帝国を消滅するため、1912年10月8日にモンテネグロはオスマン帝国に戦争布告して第一次バルカン戦争は勃発した。ブルガリアとセルビアとギリシアは10月18日に戦争布告した。ギリシャとセルビアの主要作戦は、アルバニアを解体することであった。バルカン軍は約72万人で、オスマン帝国軍は約30万7千人で構成された。オスマン帝国のヨーロッパ領土に住んでいた約632,408人のイスラム教徒が殺害されて、約812,771人がアナトリアに移住した。バルカン戦争中にバルカン諸国によって結成された「十字軍同盟」が、約70万人近くものイスラム教徒を殺害した。
ロシア革命のレフ・トロツキーは記者として虐殺を目撃した。マケドニアのアルバニアの民間人や他のイスラム教徒の村人がセルブによって残酷に殺され、頭を切り落とされたイスラム教徒の死体が横になり、イスラム教徒の村が焼かれ、イスラム教徒に属する貴重品が組織的に略奪された。第一次バルカン戦争中、セルビア人だけでなく、彼らの土地を拡大したモンテネグロ人、ブルガリア人、ギリシャ人も、バルカン半島に住むトルコ人、アルバニア人、ボスニア人、その他のイスラム教徒を虐殺した。女性、老人、子供、赤ちゃんはさまざまな拷問によって殺害された。トルコ国内外に深刻な危機に直面したオスマン帝国は敗退した。バルカン戦争を終結させるロンドン条約が、1913年5月30日に調印された。
第二次バルカン戦争は、1913年6月29日から8月10日にブルガリアが領分に不服して、セルビアとギリシャを攻撃した。7月にはルーマニアとトルコもブルガリアに戦線布告した。ブルガリアは敗退して孤立無援となり、第二次バルカン戦争は1913年8月10日にブカレスト条約で終結した。利益相反のあるバルカン諸国がお互いに争って一層に対立関係が深まり、ロシアやオーストリアの利害も絡み、第一次世界大戦の導火線となった。
