ルワンダの内戦により、1990年代に大虐殺が頻発した。ツチ族とフツ族のルワンダ民族間の殺し合いの内戦により、ルワンダ人の死体の山がよく散見された。すでに弱体化している地域のルワンダ人にとって、その死体の処理の問題が、潜在的な病気を引き起こす一つの原因となった。
ルワンダの不平等はより地域的に偏在して、北部では権力者が支配して、ルワンダ政府の役職や管理する経済活動、支援される開発プロジェクトにおける賄賂で最も多くの恩恵を受けていた。この優遇措置は、1958年から1962年の革命期に、カトリック教徒のフツ族がツチ族の王政を打倒してさらに加速した。革命を暗黙に支持したのは、長年にルワンダの外国支配を維持するツチ族の政権に恐れを抱いた脱植民地勢力であった。革命では、多くのツチ族が犠牲になり、ルワンダの旧ツチ族の権力者のほとんどが中央アフリカなど他国に逃亡した。
1962年にルワンダを暴力の支配が強化され始めた。1961年から1962年には、亡命したツチ族が、ブルンジとウガンダを拠点にルワンダに反撃した。フツ族の軍隊によって簡単に鎮圧された。緊張が高まり、1962年には約2,000人のツチ族が処刑され、1963年には約10,000人が殺害された。約14万人から25万人のツチ族が国外に逃亡して、ツチ族の人口は約2分の1から約4分の3にまで減少した。
1966年から1993年までルワンダを支配した2つの政権は、ツチ族の権力者を殺害したり、強制的に排除した。2つの政権は非常に弾圧的で、フツ族の正当性を示した。第一に、ルワンダ政権による国家主導の開発はフツ族の利益のためであった。フツ族を優位にする民主的な努力と国民に納得させた。第二に、何百年にも少数派のツチ族に支配されたルワンダは、フツ族の所有であるイデオロギーにより、ルワンダ政府はフツ族の覇権に有利であると見せかけた。弾圧的な政権に正当性を与える一方で、フツ族はツチ族に対する恐怖心と偏見が段階的に拡大した。実際、ルワンダ政府はツチ族に対する偏見を組織的に助長した。約20年以上かけて、偏見をツチ族に対する過激な憎悪に変えた。最終的にはツチ族に対する暴力を増長し、1994年にはツチ族の絶滅を図った。フツ族の関心をツチ族に向けて、ルワンダ政権は失敗から国民の注意をそらした。
ツチ族の難民がルワンダ国内に戻ることは厳禁であった。ツチ族が人口の約9％に応じて社会経済活動に参加できるクオータ制が導入された。政府内には、約9％の割当ては実現しなかった。商業や非政府企業など規制の少ない分野では、ツチ族の数は約9％をはるかに超えた。
1990年代初頭に、紛争の出来事が集団虐殺するジェノサイドを発生した。フツ族の劣勢地域で、ルワンダ政府への反感が高まった。ルワンダ政府が北部を優遇して、南部のフツ族が怒りを高めてフツ族内の紛争が勃発した。政府は偏った政策から国民の目をそらすために、ツチ族に対すフツ族の偏見を煽って煙幕を張った。1959年から1963年の間に国外に追放されたツチ族の子孫たちが、1990年にルワンダに侵攻した。民族間の憎しみの火をさらに燃え上がらせた。ツチ族は十分な資金と物資を投入した侵攻作戦は、北部の地域を制圧できた。ツチ族の支配が復活するフツ族の危機感を煽った。1992年までに、国連を中心とした国際社会は、新たに帰還したツチ族をフツ族との統合を求めて、フツ族政権に対してより包括的な政府を樹立する交渉を要求した。
タンザニアのアルーシャで国連が要求した交渉は、ツチ族がフツ族の支配するルワンダに侵入する不安をさらに増大させた。ルワンダ国軍が地元の民兵や市民を武装させ、1991年から1993年にツチ族を平然と殺害した。1994年4月6日に、ルワンダのフツ族大統領がアルーシャでの交渉の帰りに飛行機事故で死亡した。その撃墜からフツ族が暴動して数千人のツチ族が殺害された。国連関係者たちはルワンダから退去した。これらの暴動から約100日間の内戦に巻き込まれて、約80万人の主にツチ族が虐殺された。北部のツチ族勢力であるルワンダ愛国戦線(RPF)が侵攻を再開して、1994年7月4日にはルワンダの首都キガリを占領した。約200万人のフツ族は多くの軍隊や政府幹部と、コンゴ民主共和国（旧ザイール）に逃亡して、再編成を行した。ルワンダで次の階段の暴挙を企てた。1999年までに、少なくとも約20万人のフツ族とツチ族がルワンダで殺害され、数十万人が近隣諸国に逃亡し、数十万人がルワンダ国内で避難して、難民収容所に収容されている。
ルワンダの状況は非常に不安定となった。ルワンダの内外に大量の難民が存在して、少数派のツチ族が絶滅されない限り、フツ族は生活を支配される偏見と恐怖が段階的に拡大した。大量の難民の存在は、中央アフリカの他の国々の資源を圧迫した。21世紀のアフリカでは、再び紛争と殺戮が起こる可能性が非常に高くなる。2000年4月にルワンダにRPFからツチ族カガメ大統領か就任してアフリカの奇跡の経済成長を遂げた。一方で、2003年5月と2015年12月に新憲法に改正して再選の延長により、2017年8月に2034年まで長期独裁への大統領に再選された。
