1949年1月9日に佐世保に還送された死体は4515体であり、遺骨は307柱もあった。火葬は1月13日から2月13日まで約1ヵ月もかかった。収容所南西の海岸で、1日も早い納骨をと援護局職員は作業をつづけ、風の日も、雪の日も日曜日にも荼毘の煙が海に流れた。骨箱におさめられた後の灰は、佐世保近くの景勝の地に集められた。海外の異郷地での戦いで戦死した日本軍の戦死者の供養塔ができて、やっと故国の日本に土に還った。アメリカ軍は、それ以前には、太平洋戦争の戦場にて日本軍兵士の戦死者リストとの確認が慎重に行なわれた。その遺体の一部は マニラ郊外にてアメリカ軍の手で仮埋葬されていた。
引揚げは生還者だけではなかった。戦没者あるいは引き揚げ途中で死亡した者も少なくない。未火葬の遺体・遺骨も帰ってきた。激戦地だったマニラから、戦没遺体が遺族に還されることになった。1949年1月9日に佐世保へ帰還したアメリカ軍の輸送船の「ボゴタ丸」に、一般人を含む遺体は佐世保郊外・野天火葬場で荼毘にふされた。火葬後、遺骨は氏名不詳者を除き、家族に引き渡された。海外戦没者の本格的な遺骨収集は、1953年から始まり現在も行われている。
1949年1月9日に、フィリピンでの戦死者4834人の遺骨が、アメリカ軍輸送船ボゴタ丸で佐世保港に帰着した。アメリカ軍の輸送船あるボゴタ丸は、フィリピン方面で戦死した遺体・遺骨を運んだ。ボゴタ丸はもともと貨物船だった。貨物船と戦艦は造りが違い、胴の厚みも薄く、弾が当たると水圧で船が沈没する貨物船は壁がなく大きな船室であった。ボゴタ丸はフィリピン、バンコク等から日本まで1万人以上の生存した引揚者も日本の内地に運んだ。
