第二次世界大戦の東部戦線にて1942年11月に、ドイツ軍はユーゴスラビア愛国者を絞首刑で処刑した。ドイツ軍の侵攻により、ユーゴスラビアは内部分裂により崩壊した。1941年から1945年にかけて、ユーゴスラビアの共産主義者、クロアチアのファシスト、セルビア王党派とドイツ占領軍の3者間の内戦の紛争によって、占領国は引き裂かれた。少なくとも100万人が死亡した。
1941年春にドイツ国防軍がユーゴスラビアを占領して、多民族国家が崩壊した。その後に、民族主義者グループが、第二次世界大戦にて最初のパルチザン部隊となった。パルチザンは弱武装の民兵は山岳地帯に退却して、占領ドイツ軍と戦った。最初のパルチザンの抵抗行為に対する報復として、ドイツ軍は1941年秋に大量虐殺を執行した。パルチザンは大規模な抵抗運動を控えた。1943年にドイツ親衛隊によるギャング狩りにより、民間人の犠牲者の数は数ヶ月でかなり増大した。パルチザンの包括的な武装蜂起は、占領ドイツ軍が疲弊して、全般的な戦況が不利に転じてから宣言された。
枢軸国占領軍であるドイツ軍、イタリア軍、ハンガリー軍、ブルガリア軍の占領軍はユーゴスラビアの住民に対して残虐行為を行った。パルチザンの攻撃や抵抗に対する報復として、民間人や人質の大量殺戮の虐殺した。有名な事件として、ドイツ軍によるクラグジェヴァツ虐殺があり、アルバニア人のヴァッフェン親衛隊SS部隊が、アンドリエヴィツァで400人以上の正統派キリスト教徒を殺害した。ハンガリー軍によるノヴィ・サド虐殺により、南部バチュカ地方で3,000～4,000人の市民が殺害された。イタリア軍によりポドゥムの虐殺により、1942年7月12日にポドゥムの村で、パルチザンの襲撃に対する報復として、イタリア占領軍がクロアチア人の91人の民間人を殺害した。
パルチザンによる復讐行為は隠蔽され、パルチザンに積極的に参加しなかった多くの人々や捕虜をドイツ軍の協力者とみなして、恣意的に処罰して、収容、抑留、追放、殺害、弾圧した。ファシストのユーゴスラビア人戦闘員に対するブライブルクの虐殺、ゴットシェール人やドナウ・シュヴァーベン人の少数民族の虐殺した。ユーゴスラビアのパルチザンが、1943年秋と1945年春に、イタリア住民に対して、フォイベの虐殺を執行した。戦後も虐殺した地域は、制限された軍事エリアとして一般人から遮蔽された。
