太平洋戦争の終局の沖縄戦で、アメリカ軍兵士が亀甲墓の前で殺害した日本人の死体が散在して、さらに内部に散乱した死体を引きずり出した。
アメリカ軍は1945年4月1日から日本本土の侵攻の緒戦であるの沖縄戦の攻防が勃発した。アメリカ軍は、沖縄の海と空を制圧した。圧倒的な武力を持ったアメリカ軍に対して、劣悪な日本軍は、戦闘地域に散在してゲリラ戦で対抗した。そのために陸上戦に巻き込まれて、アメリカ軍からの無差別攻撃だけでなく、日本軍からも虐待から虐殺も受けた。
沖縄住民らの防空壕となっていた亀甲墓を、アメリカ軍はゲリラ拠点として徹底的に掃討した。沖縄住民の避難場所であったが、被爆弾死、火炎放射器による焼死、手榴弾、銃殺死などで、無差別攻撃で膨大な沖縄住民が虐待と虐殺に巻き込まれた。甚大な銃弾、砲弾、火炎により、沖縄住民は、針の穴をくぐって避難した。
亀甲墓は横穴式で、山の斜面や崖などを横から掘り出して、その入口部分に石や漆喰で塞いだ。亀甲墓の奥部分は山の斜面や崖の中に詰まっていた。特に明治時代から、沖縄戦争の中部から南部にかけて、亀甲墓は明治時代の中頃から増大していた。大きく独特に埋葬する沖縄の亀甲墓は、結局、沖縄戦で壊滅して、戦後にて亀甲墓は撤去される対象とった。亀甲墓は女性の子宮を象ったお墓に自分が回帰する信仰であった。安置している遺体の周りに石を積み上げたり、漆喰で入口を塞いで、破風墓や亀甲墓の形へと変化していた。
