太平洋戦争後に、1947年8月1日にオランダ軍兵士がジャワ島東部の都市マランで、インドネシア独立運動家の死体に慎重に近づいた。インドネシア人の抵抗を受けた場合、オランダ軍は非常に残忍な方法で占領した。何千人もの罪のないインドネシア人が戦闘中に犠牲となった。
インドネシアの愛国者と、日本軍の抑留から解放されたオランダ人の間で紛争が起こった。日本軍占領下では、15万人のオランダ人とオランダ軍兵士が劣悪な環境下で抑留された。解放後、オランダ軍は、特にインドネシアの反政府勢力に対して敵意を抱いた。
インドネシア独立戦争(1945年～1949年)では、1945年10月から11月にジャワ島スラバヤで起きた占領を巡る戦闘は、最も血なまぐさい戦闘の一つになった。戦闘では、6,000人のイギリス軍が10万人を超えるインドネシアの非正規軍の武装解除を試みた。装備の不十分なインドネシア軍は、3週間の戦闘で数千人の犠牲者を出した。スラバヤの後に、イギリスはオランダとインドネシアの間でより中立的な立場を取った。
1945年後半から1946年前半にかけて、オランダはインドネシアの主要都市を占領するためにオランダ軍を移動させて、退去を望むイギリスとオーストラリアに代わった。1946年1月に、オランダ軍はインドネシア政府をジャカルタから追放し、ジョグジャカルタに遷都させた。独立闘争を終結するため、オランダとインドネシア共和国は1946年11月12日に、リンガ・ジャティで協定に署名した。オランダは、インドネシア共和国の権限を認め、一方、鉱物資源が豊富な東インドネシアの島々の支配権は維持した。
オランダは、インドネシア全土を再び支配下に置くことを依然として望んだ。この目標を達成するために、オランダは1947年7月の攻勢により、リンガジャティ協定を破棄し、ジャワとスマトラの征服を狙った。この攻勢である「警察活動」は成功し、共和国が占領した多くの都市を占領した。1947年8月4日、国連の仲介により停戦が合意された。1949年12月7日にオランダは、インドネシア共和国への主権譲渡が起こった。
