日本軍が南京城の包囲して攻撃していた1937年12月6日に、日本軍の砲弾が爆破して、中国人の男子が殺害された。南京の戦いで、南京市民の父親は、悲嘆して瀕死の息子の男子の身体を抱えながら土蔵の防空壕に逃げ込んだ。防空壕に到着した時点で、息子の男子は絶命した。約27人の南京在留した欧米人らが設置した土蔵の防空壕の安全地帯(Nanking Safty Zone)に、多数の南京市民が逃げ込んだ。南京の外国人住民も、爆撃、火災、犯罪者の略奪、停電などの緊張の中で混沌とした。11月下旬まで在留した欧米人が、南京市の中心部に南京安全区に、民間人の難民が戦闘から逃れる非武装地帯を増設した。南京が占領された12月13日以降に安全地帯でも、日本軍の戦争犯罪が勃発した。
南京の戦いは12月1日から勃発して、日本軍は12月13日に南京を占領した。日本軍の爆撃機は頻繁に南京に約50回も空襲を行った。日本軍の爆撃と侵攻に直面して、南京市民の大部分は南京を脱出して、12月初旬までに南京の人口は約100万人以上から約50万人以下に減少した。1931年9月28日の満州事変以降に、中国民国政府は国防計画から、1934年に十龍基地、首都南京に主・副基地を建設した。1937年8月15日から、日本軍は高速重爆撃機をジュロン空軍基地に対して攻撃を開始した。
南京城壁の外側では、日本軍の侵攻経路に、溝、堀、鉄条網、地雷原、砲台、要塞などで、南京の城壁外の最終防衛線を設置した。11月20日に中国国民党軍と徴用労働者は南京全体にほぼ50kmに及ぶ石壁で囲み、12月6日までに南京市内に入る全ての門を閉じて、土嚢と厚さ約6mのコンクリート壁を築いた。日本軍の避難所や補給を途絶するために、12月7日に南京市内に焦土作戦を開始した。南京市内から約1～2km以内のすべての家屋や建造物、南京市内から約16km以内の道路に近いすべての家や建造物にも焼却を命じた。南京守備軍は、第二次上海事変でひどく損傷を受けて南京に撤退した。南京守備隊に参戦した中国人兵士は、約73,790人から15万人程度と推定された。日本軍が12月13日に南京城を侵略した直後から、約6週間にわたり南京大虐殺が勃発した。
